[FTF vs. IWTB]

Con evidencia dada por un doctor paranoico (Kurtzweil), Mulder empieza a creer que la bomba no fue desactivada deliberadamente, para destruir evidencia de algunas víctimas del virus alienígena (cáncer negro). A pesar del hecho que el y Scully están en peligro de perder sus trabajos en una audiencia liderada por la Directora Asistente Jana Cassidy, ellos siguen la evidencia. Pero cuando Scully es picada por una abeja infectada con el virus, y es secuestrada, un Mulder desesperado va en busca de ella. El Hombre Bien Arreglado le dice a él, adonde encontrarla, en la Antártida, al mismo tiempo que también le entrega el antídoto. Habiendo hecho esto, El Hombre pierde su vida cuando explota el vehículo en que andaba.

Mulder se dirige a la Antártida y salva a Scully, en el proceso descubre un laboratorio secreto liderado por El Fumador, y su colega Conrad Strughold. El laboratorio es destruido cuando la nave extraterrestre que yacía en el lugar, se activa y deja el planeta.

Más tarde, Mulder y Scully dan evidencia en la audiencia con Cassidy, a lo que ella ignora repetidamente sus notas. En otro lugar, en Túnez, El Fumador se da cuenta que los Expedientes X han sido reabiertos...

Los agentes especiales Mulder y Scully están haciendo su vida, el agente Mulder esta aislado y sigue buscando recortes o información de ovnis, y la agente Scully se desarrolla totalmente en la medicina en la cual tiene un caso de un niño postrado con meses de vida, al cual hace lo posible por salvarlo. A pesar de que los agentes Mulder y Scully no desean volver a su oscuro pasado, ellos serán los únicos capaces de resolver este misterio, en el cual la agente Scully no quiere ser participe por diversas razones entre ellas la de seguir las predicciones de un sacerdote pedófilo como lo veía ella, a diferencia del agente Mulder que si cree en el y sus visiones.Después de eso unos oficiales del F.B.I. van a un edificio donde se cree que se trafican los órganos pero un ruso logra escapar y mulder y la agente Dakota Whitney (Amanda Peet) lo persiguen y no permiten que suba a un helicóptero que lo estaba esperando y el perseguido entra a un edificio en construcción, Mulder y la agente se separan y el ruso empuja a Dakota que cae del edificio y muere. Mientras la película se desarrolla Scully va a visitar al sacerdote Joseph para preguntarle por que en un encuentro anterior le había dicho que no perdiera la esperanza, tras una pelea con el, este sufrió un paro y termino internado en el hospital, por la información recolectada se enteraron que detrás de esto hay un tráfico de órganos humanos liderado por médicos rusos situados en el horizonte los cuales secuestran al agente Mulder el cual fue por si mismo a investigar, entonces la agente Scully y Walter Skinner salen a su búsqueda tras encontrar el auto en que iba volcado y destrozado cerca de un camino, tras seguir buscando llegan a una localidad la cual menciono el sacerdote y oyen ladridos, las cuales también los menciono. Después de salvar al agente Mulder e irrumpir el trasplante de cuerpo que se estaba llevando a cabo, murió al que intentaron salvar al mismo tiempo que murió el sacerdote Joseph. Al final Mulder le dice a Scully que ellos no persiguen la oscuridad, sino que la oscuridad es siempre la que los encuentra Después de esto la agente Scully decide arriesgarse y opera al a su paciente.