[Temporadas Finales] Grandes cambios

La cruzada personal de Mulder parece terminar cuando acepta que su hermana está muerta. A estas alturas, su relación con Dana ha adquirido claramente un carácter romántico: con motivo del nuevo milenio se dan su primer beso. Otro caso les lleva de nuevo a Oregón, donde comenzó la serie, siete años atrás. En esta ocasión, están desapareciendo personas que ya han sido abducidas antes. La clave está en una nave espacial accidentada en el bosque, la cual está rodeada de un escudo de invisibilidad. El Fumador, muy enfermo, envía a Krycek a hallar la nave. Mulder teme por Scully, que no se siente bien últimamente. Ambos se muestran bastante cariñosos en esta aventura, que da un vuelco cuando Mulder es abducido. Skinner lleva la noticia a Scully, que a su vez le sorprende con la noticia de que está embarazada.

Hay que tener en cuenta que, cuando fue estrenado "Requiem" —episodio que cierra la séptima temporada— los productores no estaban seguros de que la serie fuese a continuar e hicieron un episodio que valiese de cierre pero al mismo permitiese continuar la serie.

Aparece un nuevo personaje: el agente especial John Doggett, que es asignado para dirigir la búsqueda de Mulder. El embarazo de Scully avanza y descubrimos que su hijo será "especial". En un episodio, hay un grupo de personas que se dedica a recoger a los "devueltos" por los extraterrestres y sanarlos con los poderes de un extraterrestre que se hace llamar Jeremiah Smith. Cuando Mulder es devuelto, el Agente John Doggett y la Agente Mónica Reyes, a la que ha pedido ayuda para el caso, sin saberlo impiden que Mulder sea sanado, por lo que es dado por muerto y deciden enterrarle. Capítulos después descubren que quizás no esté realmente muerto y que hay una forma de salvarle y así lo hacen.